Grundandet av vetenskapliga samfund i Finland började på 1820-talet och aktiverades under 1800-talets slut. Samfund uppstod inom vetenskapens alla grenar och de hade en viktig uppgift i främjandet av nationella vetenskaper och säkrandet av vetenskapens oavhängighet. På grund av förryskningssträvandena var till exempel Helsingfors universitets framtid osäker under russifieringstrycket. Idén om grundandet av en delegation som skulle stöda de vetenskapliga samfundens verksamhet förbereddes i en arbetsgrupp, och på beslut av det autonoma Finlands senat grundades Vetenskapliga samfundens delegation (VSD) år 1899. Senaten ansåg det viktigt att stöda de, på de vetenskapspraktiserandes frivillighet baserande, vetenskapliga sällskapens verksamhetsförutsättningar och samarbete.

Samtidigt fick sällskapen till sitt bruk ett hus, det s.k. Pöllölä, som blivit färdigt på Kaserngatan i Helsingfors, vilket löste sällskapens dåvarande behov av lokal- och biblioteksutrymmen. Delegationens främsta uppgift var att förvalta lokalerna. Från Pöllölä flyttade delegationen och sällskapen år 1931 till Ständerhuset. År 1997 fick delegationen en f.d. skolbyggnad i Kronohagen till samfundens mötesplats, Vetenskapernas hus. Delegationens kontor flyttade till Mariegatan 5-7 och år 2013 till Snellmansgatan 13.

Till en början var utöver Finska Vetenskaps-Societeten, som omfattar alla vetenskapsområden, åtta andra vetenskapliga sällskap medlemssamfund och år 1908 anslöt sig då grundade Finska Vetenskapsakademin till hopen. Även om flera tiotals vetenskapliga samfund grundades under 1920- och 1930-talen och efter krigen från 1960-talet framåt, godkändes nya medlemmar till delegationen sparsamt. Sällskapen utanför delegationen grundade år 1974 Rådet för vetenskapliga sällskap som sitt samarbetsorgan. År 1979 påbörjades åtgärderna för sammanslagningen av delegationen och rådet, och i december 1981 fastställde undervisningsministeriet stadgarna för den nya samarbetsorganisationen för vetenskapliga samfund.

Den första verksamhetsledaren på heltid, Per-Edvin Persson, började år 1983. Efter honom har Hannu Heikkilä åren 1987–2001, Aura Korppi-Tommola åren 2001–2014 och Lea Ryynänen-Karjalainen sedan 2014 fungerat som verksamhetsledare. Som ordförande för delegationens styrelse har bland annat Päiviö Tommila åren 1989–1999, Ilkka Niiniluoto åren 2000–2014, Keijo Hämäläinen 2015-28.2.2018, Ulla-Maija Forsberg 1.3.2018-31.12.2022 och Petri Karonen från och med 1.1.2023 fungerat.

Delegationens verksamhet finansieras med statsunderstöd, dessutom betalar medlemssamfunden en medlemsavgift baserad på antalet medlemmar. Efter ändringarna i årets 2000 grundlag inleddes en utredning av delegationens juridiska ställning. Förutsättningen för erhållande av statsunderstödet är att understödets mottagare har rättshandlingsförmåga, och senatens förordnande från år 1899 var inte längre en tillräcklig författningsgrund för delegationens etablerade ställning och verksamhet i vetenskapssamfundet. Lagen om Vetenskapliga samfundens delegation (938/2006) trädde i kraft från början av år 2007.

Delegationens väsentligaste uppgifter är, utöver främjandet av vetenskapliga samfunds samverkan, utvecklandet av vetenskaplig informationsspridning och publikationsverksamhet samt bekantgörandet av forskningsdata och forskningsdatats nyttjande i samhället. För dessa uppgifter grundades på 1980-talets slut många nya verksamhetsformer. Publikationscentralen, nuförtiden Publikationstjänster, ansvarar bl.a. för beviljandet av statsunderstöd för publikationsverksamhet och försäljningsutställningen Vetenskapsbokhandeln säljer och marknadsför sällskapens publikationer. Bytescentralen för vetenskaplig litteratur och publikationslagret handhar internationellt skriftutbyte och lagring av medlemssamfundens publikationer.

Tidskriften Tieteessä tapahtuu (Aktuellt inom vetenskapen) började publiceras hösten 1983 först som duplikat skickade till massmedier. I tidskriften publiceras och debatteras aktuella vetenskapliga och vetenskapspolitiska ämnen. Som bakgrund för de från år 1977 regelbundet ordnade Vetenskapsdagarna ligger forskardagarna hållna 1922 och 1926 och de första egentliga Vetenskapsdagarna 1954.

Läs mera om VSD:s historia i artikeln Hyvässä seurassa Tieteellisten seurain valtuuskunnassa (på finska) som publicerades i tidskriften Tieteessä tapahtuu år 2009 (Tieteessä tapahtuu 27:6, förf. Aura Korppi-Tommola & Hannu Heikkilä).