Tieteellisten seurojen perustaminen Suomessa alkoi 1820-luvulla ja aktivoitui 1800-luvun loppupuolella. Seuroja syntyi kaikille tieteen aloille, ja niillä oli tärkeä tehtävä kansallisten tieteiden edistämisessä ja tieteen riippumattomuuden turvaamisessa. Venäläistämispyrkimysten takia esimerkiksi Helsingin yliopiston tulevaisuus oli epävarma. Ideaa tieteellisten seurojen toimintaa tukevan valtuuskunnan perustamisesta valmisteltiin työryhmässä, ja autonomisen Suomen senaatin määräyksellä Tieteellisten seurain valtuuskunta (TSV) perustettiin vuonna 1899. Senaatti piti tärkeänä tukea tieteenharjoittajien vapaaehtoisuuteen perustuvien tieteellisten seurojen toimintaedellytyksiä ja yhteistyötä.

Samalla seurat saivat käyttöönsä Helsinkiin Kasarmikadulle valmistuneen niin sanotun Pöllölän talon, mikä ratkaisi seurojen sen hetkisen toimitila- ja kirjastotarpeen. Valtuuskunnan ensisijainen tehtävä oli hallinnoida toimitiloja. Pöllölästä valtuuskunta ja seurat siirtyivät vuonna 1931 Säätytalolle. Vuonna 1997 valtuuskunta sai seurojen kokoontumispaikaksi Kruununhaassa sijainneen entisen koulurakennuksen, Tieteiden talon. Valtuuskunnan toimisto siirtyi Mariankatu 5−7ään ja vuonna 2013 Snellmaninkatu 13een.

Aluksi jäsenseuroja oli kaikki tieteenalat kokoavan Suomen Tiedeseuran lisäksi kahdeksan muuta tieteellistä seuraa ja vuonna 1908 joukkoon liittyi tuolloin perustettu Suomalainen Tiedeakatemia. Vaikka tieteellisiä seuroja perustettiinkin 1920- ja 1930-luvuilla ja sotien jälkeen 1960-luvulta eteenpäin useita kymmeniä, valtuuskuntaan hyväksyttiin uusia jäseniä niukasti. Valtuuskunnan ulkopuoliset seurat perustivat vuonna 1974 yhteistyöelimekseen Tieteellisten seurojen neuvoston. Vuonna 1979 aloitettiin toimenpiteet valtuuskunnan ja neuvoston yhdistämiseksi, ja joulukuussa 1981 opetusministeriö vahvisti uuden tieteellisten seurojen yhteistyöorganisaation säännöt.

Ensimmäinen kokopäivätoiminen toiminnanjohtaja, Per-Edvin Persson, aloitti vuonna 1983. Hänen jälkeensä toiminnanjohtajina ovat olleet Hannu Heikkilä vuosina 1987−2001, Aura Korppi-Tommola vuosina 2001−2014 ja Lea Ryynänen-Karjalainen vuodesta 2014 lähtien. Valtuuskunnan hallituksen puheenjohtajina ovat toimineet muun muassa Päiviö Tommila vuosina 1989−1999, Ilkka Niiniluoto vuosina 2000–2014, Keijo Hämäläinen 2015−28.2.2018, Ulla-Maija Forsberg 1.3.2018−31.12.2022 ja 1.1.2023 alkaen Petri Karonen. 

Valtuuskunnan toiminta on rahoitettu valtionavustuksella, lisäksi jäsenseurat maksavat jäsenmäärään perustuvaa jäsenmaksua. Vuoden 2000 perustuslain muutosten jälkeen valtuuskunnan oikeudellista asemaa ryhdyttiin selvittämään. Valtionavustuksen saamisen edellytyksenä on että avustuksen saaja on oikeustoimikelpoinen, eikä senaatin vuonna 1899 antama määräys ollut enää riittävä säädöspohja valtuuskunnan vakiintuneelle asemalle ja toiminnalle tiedeyhteisössä. Laki Tieteellisten seurain valtuuskunnasta (938/2006) tuli voimaan vuoden 2007 alusta.

Valtuuskunnan keskeisimpiä tehtäviä ovat tieteellisten yhteisöjen yhteistoiminnan edistämisen lisäksi tieteellisen tiedonvälityksen ja julkaisutoiminnan kehittäminen sekä tutkimustiedon tunnetuksi tekeminen ja tutkimustiedon käyttö yhteiskunnassa. Näitä tehtäviä varten perustettiin 1980-luvun lopulla useita uusia toimintamuotoja. Julkaisukeskus, nykyisin Julkaisupalvelut vastaa muun muassa julkaisutoimintaan kohdistettavien valtionavustusten myöntämisestä ja Tiedekirja-Vetenskapsbokhandeln –myyntinäyttely myy ja markkinoi seurojen julkaisuja. Tieteellisen kirjallisuuden vaihtokeskus ja julkaisuvarasto hoitavat kansainvälistä julkaisuvaihtoa ja jäsenseurojen julkaisujen varastointia.

Tieteessä tapahtuu –aikakauslehteä ryhdyttiin julkaisemaan syksyllä 1983 aluksi tiedotusvälineille lähetettyinä monisteina. Lehdessä julkaistaan ja keskustellaan ajankohtaisista tieteellisistä ja tiedepoliittisista aiheista – niin kuin valtuuskunnan perustamista valmistelleen työryhmän jäsenet 1910-luvulla uudelleen muistuttivat työryhmän ehdotuksista. Vuodesta 1977 säännöllisesti järjestettyjen Tieteen päivien taustalla ovat 1922 ja 1926 pidetyt tutkijainkokoukset ja 1954 ensimmäiset varsinaiset Tieteen päivät.

Lue lisää TSV:n historiasta Tieteessä tapahtuu -lehden vuonna 2009 julkaistusta artikkelista Hyvässä seurassa Tieteellisten seurain valtuuskunnassa (Tieteessä tapahtuu 27:6, kirj. Aura Korppi-Tommola & Hannu Heikkilä).